Cloud war nur ein paar Tage im Mako, wärend Sephi mehrere Jahre darin gefangen war. In der Zeit konnte das mako doch kondensieren, zu Substanz werden, und ihn so für so lange Zeit einschließen.

Zu der Theorie, daß Sephiroth sich im Lebensstrom mit Jenova vereinigt hat:
Die Möglichkeit besteht. Sephi(oder Jenova, wie auch immer) spricht öfter im Plural (wir statt ich).