Mir persönlich gefällt Persona 3 besser....einfach wegen dem Style an sich.
In P4 wirst du von Gelbtönen erschlagen....besser, erblindet

Generell haben beide in der Mitte ein Loch und drehen gegen Ende wieder mächtig auf, 4 mehr als 3 imo.
Die Handlung gefällt mir in 4 auch besser....die Charakter allerdings nicht! Viel zu kindisch, nervig alles aufgemacht gegen später....Teddy......
4 hat auch den Vorteil das man Orte bequem "anklicken" kann und nicht soviel laufen muss wie in 3.
Dafür hat 3 gefühlt mehr Möglichkeiten im Kampf und so......

edit:
Das Zeitproblem fällt in P4 insofern weg als das du wirklich ständig irgendwas machen kannst, bzw. das Gefühl vermittelt bekommst, ansonsten ist es wie in 3....nur mit Schlecht-Wetter-Fronten