Das geht mit Wrye Mash sicherer und einfacher. Auf der Mods-Seite sind diese Mods mit einer anderen Farbe hinterlegt, Rechtsklick auf diese (orange oder gelb?) und aktualisieren lassen; ich glaube das ging über Master List updating.
Die Aktualisierung per CS ist insofern unsicher, dass man damit Gefahr läuft, "dirty" Mods zu produzieren und auch noch das Datum mit zu ändern, wodurch die Ladereihenfolge verändert wird.