Das die .esm und .esp-Dateien kein Symbol haben heißt lediglich, das sie keinem Programm zum Öffnen zugeordnet sind. Ist eine Verwaltungssache von Windows und hat mit irgendwelchen Problemen in Morrowind rein gar nichts zu tun.

Du könntest schauen, welche Mods diese Meldung hervorrufen, diese mit dem CS öffnen und anschließend speichern, danach sind sie der passenden Versionnummer zugeordnet.
Was Patches angeht: Die Patches für Morrowind sind in der GotY-Edition schon enthalten. Allerdings tummeln sich im Web noch viele Plugins, die mit einer frühereren Version erstellt wurden. Bisher gab es bei mir noch keine Probleme mit derartigen Mods, ob einer deiner Mods Probleme macht kann ich leider nicht sagen, da ich von deinen Mods nur MCA und bgBalancing verwende.