Man muß dem Spiel mitteilen, daß es statt der Texturen in den .bsa (Standard) die veränderten benutzt.

Dies passiert mit der sog. ArchiveInvalidation.txt, wo die Pfade zu den neuen Texturen eingetragen werden.
Das ist nur für gleichnamige und an gleicher Stelle liegende Texturen erforderlich. Gänzlich andersnamige werden immer automatisch benutzt (müssen natürlich in den .nif so verlinkt sein).

Besser ist die Verwendung der ArchiveInvalidation Invalidated.bsa. Gibts auf Fallout3nexus.com.

Langer Rede kurzer Sinn: Texturen müssen nicht wieder in die .bsa gepackt werden.