Dein genannte Programm hier hat überhaupt nichts mit FPS-Probleme zutun.. bitte informiere dich vorher.
Ich habe mich intensiv darüber auseinander gesetzt: Bei Vista Anti-Lag (gibt auch noch alternativen) geht es darum, das das Suchsignal des WLANs bei Vista ausgeschaltet bzw. unterdrückt wird, da dieses alle 30sek bis 1min kurz einen "Scan" macht, kann es zu einer erhöten Latenz kommen (z.b. 1500 ms).
Das was der TE hier jedoch schildert ist ganz klar ein Leistungseinbruch seines Computers, sei es durch Überlastung, Überhitzung oder anderen Faktoren.
Ich würde mal empfehlen mit "msconfig" --> Systemstart, alle Hintergrundprogramme zu deaktivieren (außer vielleicht dann das Konfigprogramm, solltst du WLAN nutzen).