Ich nutze Better Bodies ohne Probleme mit Morrowind und Vista.
Vielleicht solltest Du - so wie ich es gemacht habe - den gesamten (installierten) Morrowind-Ordner einfach auf eine andere Partition Deiner Festplatte schieben (ich habe 2 Festplatten in meinem Computer).
Vista ist mit dem C-Laufwerk nämlich etwas "komisch" und verlangt andauernd Administrator-Rechte, das war mir zu nervig.
Ich habe nach dem Verschieben einfach nur die Verknüpfung auf dem Desktop gelöscht und eine neue vom neuen Morrowind-Platz erstellt.

Übrigens habe ich in über 6 Jahren Morrowind-Spielzeit weder den ModManager noch WryeMash je gebraucht.