Problem 2 hängt mit 1 zusammen, fürchte ich. Die aktive Modliste muss in die Morrowind.ini eingehen und die scheint schreibgeschützt zu sein, oder der Launcher wurde als Nicht-Admin gestartet und hat damit keine Schreibrechte.

Wenn noch nicht getan: Verschiebe den Morrowind Ordner aus CProgramme heraus. Vista behandelt diesen Ordner anscheinend anders als andere, Änderungen werden da teilweise automatisch zurückgenommen. Starte Morrowind (Launcher) als Admin, das lässt sich vermutlich durch Rechtsklick auf shortcut bzw. exe -> Kompatibilität, irgendwo da festlegen.