Alles plattmachen kannst du sowohl mit der Windows Installations-CD als auch mit ner Ubuntu-Installations CD, einfach formatieren auswählen, wenn die installation startet. (oder irgendwann währenddessen)
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Unter Windows wird das nicht so leicht klappen, da Windows die Swap und die andere Linux Partition (z.B. ext3) nicht erkennt.
In diesem Fall würde es sich lohnen, die gparted Live-CD runterzuladen und dies dann über gparted konfigurieren.