Ja, das ist seltsam und mir auch schon aufgefallen. Die Haken vor den Mods verschwinden immer wieder. Trotzdem funktionieren die Mods, die ich benutze.
Hast du einfach mal probiert zu spielen und dabei einen Unterschied festgestellt? (Falls man bei den von dir genannten Mods so ohne weiteres einen Unterschied erkennen kann.)

Ein sicherer Hinweis darauf, ob deine Mods noch aktiv sind ist folgender:
Aktiviere die Mods, starte das Spiel, mach einen Save.
Wenn du den Save ohne die Meldung "der Spielstand beriht auf Dateien, die nicht mehr verfügbar sind" laden kannst, dann ist alles ok und die Mods laufen. Ja, auch wenn kein Haken im Launcher davor ist. Ist jedenfalls bei mir so.
Wenn man den Mod aus dem Installationsverzeichnis löscht, dann kommt beim Laden des Saves die oben genannte Meldung.

Am besten kann man das natürlich an einem Mod sehen, der einen neuen Gegenstand hinzufügt. Ist der Gegenstand noch da, ist der Mod noch aktiv.
*Eigenwerbung* :whistle: