Eine gute Frage. Was ich mir vorstellen könnte, ist dass du bei der Deinstallation alte Dateien oder ähnliches zurück gelassen hast, bzw dass mögliche Registryleichen in einem anderen Verzeichnis der Grund sein könnten.

Das Spiel spricht ja ganz explizit davon dass Dateien verändert worden wären. Demnach würde ich das Spiel nochmal deinstallieren, falls ein Ordner davon zurück bleibt diesen ebenfalls löschen (in Eigene Dateien ebenso ausser die eigentlichen Spielstände), und falls du damit vertraut bist, in der Registry nachsehen ob verbleibende Einträge auf Bethesda oder Fallout verweisen, und diese ggf ebenfalls tilgen.

Eine Alternative wäre auf den Launcher von der DVD (ich nehme an D: ist dein optisches Laufwerk) zu verzichten, und das Spiel über die Fallout3ng.exe zu starten die sich im Spielverzeichnis befindet.