Ja. Deine Darstellungsoptionen und Programme im Dock sind in Deinen persönlichen Einstellungen gespeichert und die bleiben erhalten. Dock-Icons sind in den App-Bundles gespeichert, die ebenfalls nicht angetastet werden. Lediglich Applikationen, die ein Update bekommen (z.B. Quicktime, iTunes, etc.) bekommen wieder ihr altes Icon, weil die app.icns beim Update überschrieben wird.