Hast du es denn richtig importiert (mit RPGmaker internen import-dingens? ) Oder einfach nur in den Ordner gemacht bzw ersetzt dort durch das Alte?

Manchmal kann nämlich durch umwandlung von indiziert -> RGB -> indiziert die Farbe ein klein wenig verändert sein.
Speicher es einfach unter einem anderen Namen außerhalb des Battlechar-Ordners und importiere es richtig mit dem RPG-maker,wodurch du die Farbe ja dann auswählen kannst,die Transparent sein soll. ^^
Falls das nicht klappt,weiß ich auch nicht woran das liegen könnte. .__.'