Das Problem ist, das in zwei zu mergenden verschiedenen Plugins mit jeweils einem hinzugefügtem Item, diese durchaus die gleiche FormId haben können, welche sich Ingame nur durch die vorangestellte Ladekennung unterscheiden. Beim Mergen wird nun eines dieser Items eine neue FormID (Nr.) bekommen und somit vom gespeicherten Spielstand nicht mehr zuweisbar sein, was sich in fehlenden Rüstungsteilen, Waffen etc. bemerkbar macht.
Da nützt auch eine Wrye Bash Umleitung nichts.
Nur Ingame nochmal neu besorgen.