Wenn die aus einem der gemergten *.esp-Dateien kommt musst du die Abhängigkeit im SaveGame auf die neue *.esp umleiten, ansonsten geht (wie du schon richtig festgestellt hast) sämtlicher Fortschritt (inkl. gefundenen Gegenständen) verloren.
Das kannst du z.B. mit Hilfe von Wrye Bash machen (Rechtsklick in der Save-Masterliste auf die *.esp & bei Ändern zu die neue *.esp wählen).