Solange keine *.bsa-Dateien an den gemergten *.esp dranhängen (beginnen mit dem Namen der *.esp (ohne Endung)) sollte das ausreichen.
Ansonsten muss du die *.bsa-Dateien noch entspechend umbenennen, dass sie mit dem Namen der gemergten *.esp anfangen.

zum Beispiel:
Wenn die gemergte *.esp (durch extreme Kreativität) den Namen 'Merged Mods.esp' bekommen haben würde es ausreichen ein 'Merged Mods' vor den Namen der *.bsa-Dateien zu kleben.
Die SI-Dateien sind ein gutes Beispiel dafür.



Probleme machen auch Sprachdateien, da muss du die entsprechenden Unterordner im Ordner 'Oblivion\Data\Sound\Voice' in den Namen der gemergten *.esp umbenennen.

ACHTUNG:
Sprachdateien können sich auch in einer *.bsa befinden.
Sollte das der Fall sein muss man die *.bsa vorher entpacken (z.B. mit dem OBMM) bevor man den Ordner umbenennen kann.
Ob man die *.bsa danach nochmal neu packt bleibt jedem selbst überlassen.