Solange es sich nur um *.esp/*.esm-Dateien handelt (bei Replacern funktioniert die Methode leider nicht) kannst du die Profil-Funktion von Wrye Bash benutzen.
Musst du natürlich auch vor jedem Spielstart umstellen (nicht mehr als ein paar klicks), aber dann bist du auf jeden Fall sicher, dass du keinen Charakter mit den falschen Plugins lädst.