Es liegt an deinem Floyd Rose Vibratosystem, das den Nachteil hat, wenn man eine Saite höher stimmt senkt sich die Stimmung der anderen Saiten.
Stimmt man diese Saite dann nach oben, senkt sich die Stimmung der ersten Saite.

Deshalb solltest du mal versuchen die höheren Saiten gleich etwas höher zu stimmen als vorgesehen.