Es scheint sich um einen Bug zu handeln und wenn Du eine Schnellreise irgendwohin machst, sind Deine Pferde plötzlich alle in dem entsprechenden Stall. Ungewöhnlich ist es trotzdem. Warum verschwinden die immer aus ein- und demselben Stall?

Eines meiner Pferde war auch mal spurlos verschwunden, kam auch bei Schnellreise nicht zurück, aber als ich in Anvil vor dem Stadttor stand, fiel es plötzlich vom Himmel und stand dann unbeschadet vor mir.

Insofern: kauf keine weiteren Pferde mehr und stell die vorhandenen am besten in einen "sicheren" Stall.