So wie es aussieht hast du dann keine andere Wahl als das Kampfsystem zu einem gewissen Grad neu zu scripten. Dieses Problem kann man leider nicht so einfach mit einer "kleinen" Copy-And-Paste Aktion lösen.
Das Hauptproblem ist einfach wie die Windowklassen und die übrigen Grafiken in den Standardsystemen des Makers getrennt werden.
Alle Pictures, der Hintergrund, die Charaktere und das drum und dran sind in der Spriteset_Battle Klasse untergebracht, genauso wie auch die Viewports.
Während alle Windows direkt in der Scene eingebunden sind und deswegen nicht auf die Viewports zugreifen können.
Was du natürlich versuchen kannst ist einen Viewport in die Scene zu setzen und die Windows daraufhin umzuschreiben diesen Viewport zu verwenden. Das wäre ziemlich hässlich (aus Programmierersicht gesehen) und auch generell ein schlechter Stil aber es wäre wahrscheinlich vergleichsweise einfach und schnell erledigt.
Was man dabei allerdings erwähnen sollte, ist, dass es dir danach sehr viel schwerer fallen wird in der Zukunft noch Erweiterungen oder Veränderungen am Kampfsystem durchzuführen weil wir nicht wissen wie dein Kampfsystemscript aussieht und bei wachsender Unordnung wegen vieler kleiner Änderungen auch nicht den Nerv aufbringen werden uns den gesamten Code durchzulesen und ihn zu analisieren.
Hier nocheinmal eine Zusammenfassung wie es relativ schnell gelöst werden könnte.
Window_Base und Sub-Klassen erweitern sodass man im Konstruktor einen Viewport angeben kann. Für die Kompatibilität mit anderen Scripten natürlich für den default Viewport "nil" angeben im Konstruktor.
Also als Beispiel:
Dann die passenden Window-Klassen welche du im Kampfmenü verwendest (und deren Oberklassen falls vorhanden) finden und auch deren Konstruktoren anpassen um ebenfalls einen Viewport übergeben zu bekommen. Analog zum Base-Window.
Dann in der Scene_Battle einen Viewport erschaffen, diesem Viewport einen Z-Wert unterhalb des @viewport_3 im Spriteset_Battle geben, also "@scene_battle_viewport.z = 150" zum Beispiel da der Viewport 3 standardmäßig den Z-Wert 201 hat wenn ich mich recht errinere.
Und natürlich allen Windows in der Scene diesen Viewport im Konstruktor zuweisen.
Ist relativ gesehen wenig aufwand, bringt aber die oben angegebenen Nachteile. Es würde sich vielleicht direkt anbieten ein eigenes Kampfsystem zu scripten.