Das mit den Picturen ist ein wenig kompliziert. Es ist so, dass alle Arten von Grafiken welche auf dem Bildschirm dargestellt werden sollen in einen Viewport gepackt werden müssen.
Im Kampf sind zum Beispiel das Hintergrundbild und die Feinde in einem Viewport. In einem zweiten sind die Charaktersprites. In einem nächsten sind dann die Pictures. Und so weiter.
Die Fenster werden allerdings im RPG-Maker XP standardmäßig in keinen Viewport gepackt, demnach also in einen generischen standardviewport auf welchen du keinen Einfluss nehmen kannst.
Die Z-Position der Grafiken, also welche Grafik über einer anderen dargestellt wird, ist aber auch von ihrem Viewport abhängig. Viewports besitzen ebenfalls eine Z-Koordinate und falls ein Viewport über einem anderen liegt so liegen gleichzeitig auch alle Sprites innerhalb dieses Viewports über allen aus dem anderen.

Um die Pictures nun also unter die Fenster zu schieben müsstest du den Fenstern einen Viewport geben und das wäre ein wenig mehr Arbeit, es würde vor allem gutes Verständnis von dem was man machen will erfordern.

Eine einfachere Lösung könnte natürlich für dich sein einfach die Höhe des Viewports auf welchem die Pictures gelegt werden zu beschränken insofern dieser garnichtmehr bis zu den Fenstern am unteren Bildschirmrand reichen wird.

In dem Script: "Spriteset_Battle" findest du dafür in Zeile 21 die Anweisung:
Code: 
@viewport3 = Viewport.new(0, 0, 640, 480)
[Anmerkung: Parameter für einen Viewport sind: (x, y, width, height).]

Dieser Viewport ist derjenige welcher die Pictures umfasst. Wenn du die Höhe, also die "480" in dieser Zeile nun variierst werden die Pictures garnichtmehr bis zu den Fenstern reichen dürfen.
Versuche es einmal diese Zeile mit folgender auszutauschen:
Code: 
@viewport3 = Viewport.new(0, 0, 640, 320)
Für dein zweites Problem versuche einmal folgendes:
In dem Script: "Scene_Battle 2" tauscht du die Zeilen 191 bis 194 welche lauten:
Code: 
# Make battle result window
    @result_window = Window_BattleResult.new(exp, gold, treasures)
    # Set wait count
    @phase5_wait_count = 100
gegen diese Zeilen aus:
Code: 
@status_window.refresh
    battle_end(0)
Das sollte eigentlich bereits alles sein was zu tun ist.