Das Thema ist bekannt und wurde schon in nem anderen Thread geklärt:
http://www.multimediaxis.de/showthread.php?t=109852

Das Backupskript scheint irgendwie ab und an die index.php zu zerhauen.
Da unsere beiden Serveradmins bis Ende des Monats wohl in Urlaub sind, müssen wir uns so lange drauf verlassen, dass Scav immer zur Stelle ist, um die Index.php auszutauschen, wenns hapert