Huhu!
Ich nehme an der Fehler tritt auf wenn du das Bild in den Maker importieren möchtest?
Du benutzt Rot als Hintergrundfarbe, ok. Demnach solltest du einfach bei importieren des Bildes, (also in dem Moment wenn die Importvorschau angezeigt wird) auf die entsprechende Farbe klicken und schon wird diese Farbe als neue transparente Farbe erwählt.
Du hast warscheinliche entweder einen hohen scharzanteil drin oder die Farbe ist auf der Palette entsprechend angeordnet, da der Maker dazu neigt immer die erste Farbe einer Palette als transparent anzuzeigen. Aber das kann man beim Import ja ändern.
Prinzipiel ist es eigentlich egal mit welchem Program du zeichnest. Dennoch würde ich dir von Paint abraten nimm i-draw zum Pixeln, das findest du auf der Atelier Hauptseite unter den Programmen zum Download.