Netzwerkversion von ZSNES starten (beide)
Häckchen bei "Use UDP instead of TCP" rausmachen (beide)
Einer klickt auf "Start as Server"
Danach gibt der andere die IP des "Servers" bei "Client Options" unter "IP" ein und klickt auf "Connect to Server"
Dann sollte recht schnell bei beiden ein Chatfenster erscheinen
Der Server startet jetzt das gewünschte Spiel, und dann heißt es erstmal mehrere Minuten warten
Wenn das Spiel endlich gestartet ist kann der Server ganz normal spielen und der Client verhält sich, als hätte er einen Controller, der an den zweiten Anschluss angestöpselt ist

Wenn es so immer noch nicht klappt, probiert mal, den im ZSNES angegebenen Port an euren Routern freizugeben.