Ich halte die "ein Programm hat irgendwas im Ordner offen"-These für nicht unwahrscheinlich. Blöderweise hat Windows im Gegensatz zu Unix-basierten Betriebssystemen kein lsof, mit dem man mal eben nachsehen kann, welcher Prozess welche Datei offen hat - besonders weil unter Windows eine Datei gesperrt wird, sobald ein Programm darauf zugreift.

Es gibt immerhin OpenFiles.exe, das mehr oder weniger das gleiche tut, allerdings muß man u.U. erst mal rebooten - aber Reboots sind unter Windows ja nicht völlig inakzeptabel, also könnte das gehen. So funktioniert das Ding:
1. Vorbereitung
1.1. cmd starten
1.2. openfiles /local on eingeben
1.3. rebooten
2. Zugriffe anzeigen lassen
2.1. cmd starten
2.2. openfiles eingeben
---> Du kriegst eine Liste mit offenen Dateien und dazugehörigen IDs
2.2.a. Du kannst auch innerhalb der Ergebnisse suchen: openfiles |find /i "bla"
2.3. Du kannst die entsrechenden Zugriffe mit openfiles /disconnect beenden. Für genauere Informationen siehe openfiles /disconnect /?


Process Explorer soll wohl auch so was in der Art können, aber ich kenne mich mit dem Programm nicht aus.