Die meisten Mods haben eine Readme dabei, in der erklärt wird, wie du alles installierst.
Bei richtig gepackten mods musst du nur das Archiv in dein Morrowindinstallationsverzeichins entpacken. Die Dateien landen dann in ...\Morrowind\Data Files\
Wenn es sich um einen Replacer handelt, werden evtl einige Dateien überschrieben. Mach vorher ein Backup (schadet nie) und klicke dann "ja alle".
Wenn das Plugin eine .esp Datei enthält musst du sie beim nächsten Spielstart aktivieren. Gehe dazu auf "Zusatzdateien" und mache ein Kreuz (Doppelklick) vor die entsprechende Datei. Danach gehst du auf "Spielen" und das PI wird mit dem Spiel geladen.
Fertig.