Aus welchen Mods die Teile stammen ist in diesem Fall völlig egal.
Sobald du ein, durch eine Mod hinzugefügtes Teil, ingame durch bspw. aufgebrachte Zauber veränderst, wird ein neues Objekt mit neuer FormID erschaffen, basierend auf dem 3D Mesh, welches in dieser Mod in diesem Pfad liegt bzw. vorhanden war.
Diese veränderten Kleidungsstücke, Waffen etc. bleiben auch Ingame vorhanden, wenn die die Originalmods deaktivierst. Beim deinstallieren werden allerdings die Meshs entfernt, so das diese Teile nun einfach nur unsichtbar sind oder ein gelbes Ausrufezeichen hervorrufen.
Ist genau das gleiche, als wenn ich deine Mod im CS inaktiv lade, ein Kleidungsstück durch bspw. einer hinzugefügten Verzauberung verändere, das Plugin als neue Mod speichere und künftig mitverwende.
Technisch gesehen ist das letzte "Plugin" was geladen wird immer das Save.