Die Gegner am Fungus Pass können keine Items klauen, das kann kein Gegner in FFX.
Du musst ihn entweder verkauft oder unbewusst eingesetzt haben. Von einem Bug, dass Items mal so nebenbei verschwinden, ist mir zumindest nichts bekannt.

Rück- und Teleportspäroiden gibt es am Wegesrand dann und wann mal, insgesamt sind es nicht allzu viele. Den nächsten würdest du bei der Sanubia Wüste in einer Schatzkiste bekommen.

Später können die durch die Monsterfarm beliebig nachbesorgt werden. Wenn man einen Hypnopilz besiegt, bekommt man immer einen Teleport-Sphäroid. Das wird dir allerdings wenig bringen, denn um den zu besiegen, benötigt es so viel an Vorbereitung, dass du mit den S-Lv., die du aus dieser Vorbereitung bekommst, das gesamte Brett umrunden kannst (oder den größten Teil davon).

Wenn du bis zur Wüste warten kannst, dann lass Khimari solange in der Reserve, und wechsel ihn nur zum Abwehren ein, damit er ein paar AP abbekommt.
Andernfalls musst du eben etwas umplanen.