Äh. Mit dem Aufhellen von unterbelichteten Bildern nur durch so nen laschen Helligkeitsregler kommst du nicht weit. Die Bilder sind allesamt grau. -> tonne.
Wenn du aus solchen Bilder etwas rausholen willst, musst du sie in RAW aufgenommen haben (kannst du einstellen) und dann anschließend am PC entwickeln, dann hast du Spielraum beim aufhellen. Da gibts so sachen wie Digitales Blitzlicht usw.
Mit welchem Programm hast du die Sachen nachbearbeitet? Es fehlt auf jeden fall noch eine Menge Kontrast (wenn du Bilder so aufhellst, dass schwarz plötzlich grau ist, hast du was falsch gemacht)

In dem Post davor sind die Wolken so "kriselig" wegen dem Rauschen aufgrund von Sensorerwärmung und/oder hoher ISO-Einstellung. Mehr kann man in der kleinen Auflösung nicht erkennen. Höher als ISO-800 solltest du mit der D40 nur in Außnahmefällen gehen, und dann anschließend mit einem Bildbearbeitungsprogramm das Rauschen entfernen.

Ich kann dir für die ganze Fotobearbeitung und Bildersortierung Adobe Lightroom 2 empfehlen, das ist da sehr angenehm.
Und allgemein, in RAW zu Fotografieren, und sowas wie schärfen, weichzeichnen, Entrauschen, Belichtung korrigieren usw. am PC zu machen. So hast du mehr Kontrolle übers ergebnis, und erhällst meist bessere Ergebnisse.