Als Idee für ein anderes, düstereres Zelda hätte ich auch folgende Ansätze (einfach mal Gedanken, die nicht alle zusammenhängen):

-Hyrule ist nicht das utopische Königreich mit dem gerechten, nie in Erscheinung tretenden König, sondern halt mehr realitisches Mittelalter. Also gibt es Armut, Ungerechtigkeit, politische Intrigen etc.
-Link muss ja nicht gleich der Auserwählte sein. Einen Auserwählten an sich müsste es ja nicht unbedingt geben. Oder man nimmt einen anderen als Link (Link zB. als Knappe eines Ritters), der dann aber von Ganon umgebracht wird.
-Das allmächtige Masterschwert gerät auch mal in die Hände der bösen.
-Das allmächtige Masterschwert wird mal zerstört und es muss ein neues Schwert geschaffen werden oder so.
-Ganon will Zelda heiraten um König zu werden.
-Verbotene Liebe zwischen Zelda und Link. Dh. König und Konsorten halten Link für unwürdigen Untertan, der nichts am Hof verloren hat.