Für mich hören sich die Probleme tatsächlich auch nach internen Konflikten zwischen zu vielen Mods an und nicht so, dass sie sich auf ein bestimmtes Plugin reduzieren ließen.
Vielleicht sind deine Saves inzwischen auch schon zerschossen?
Wie verhält sich denn ein neu erstellter Char? Einfach nur zum Testen.
Ansonsten könntest du ja mit Wrye Bash dein Save mal bearbeiten und alle "unnötigen" esp-Abhängigkeiten entfernen usw. (nen Backup wird dabei ja automatisch erstellt).

MfG,
ThreeD