Hm, ich glaub zwar nicht, dass es daran liegt, aber naja... Du hast nicht versehentlich die DLCShiveringIsles.esp deaktiviert?
Bei der Installation des Addons werden die SI-SAchen direkt in die Oblivion.esm geschrieben, die .esp wird aber trotzdem gebraucht, damit die Gegenstände richtig angezeigt werden. Sonst gibt es die gelben Dreiecke.
Was anderes fällt mir grade nicht ein, was für einen so globalen Fehler sorgen könnte.