Die Fehlermeldung, dass eine gleichnamige Datei schon existiert, aber die falsche Dateigröße hat bedeutet nicht, dass dein Oblivion auf dem neuesten Patchstand ist. Welche Version du momentan verwendest wird eigentlich im Hauptmenü links unten angezeigt.

Um die Patches zu installieren (wenn sie es noch nicht sind) müsstest du alle Originaldateien wieder herstellen. Mögliche Dateien, die verändert würden wäre zum einen die OblivionLauncher.exe (wird durch den OBSE-Launcher überschrieben), bzw. die Textures-bsa (wird u.a. durch eine AI-Methode des OBMM verändert).
Am einfachsten würde hier(falls nötig) allerdings eine Neuinstallation funktionieren. Dann aber vor der Installation jeglicher Plugins & Tools die Patches installieren.