ich kenn mich mit MediaCoder nicht aus, da ich dafür AVISynth und MeGUI bzw. VirtualDubMod verwende.

Kann sein, dass die MPEG Datei einen defekt hat und dass der Encoder sich dann aufhängt.

Videoencoding ist sowieso eine Kunst für sich, denn so leicht ist das nicht, wie viele sich das immer vorstellen.
Da gehören schon Grundkenntnisse hinzu. Einfach auf "Encode" klicken bringt meist einen nicht weiter.
Schon gar nicht, wenn das Video bestimmte Voraussetzungen erfüllen muss.