ich kenne mich mit paint.net jetzt nciht so aus, aber es sollte eigentlich so auch funktionieren... (ich nutze The Gimp)

Warum nimmst du also nicht einfach eine Auswahl? Ich schätze, wenn der Filter nur auf die auswahl wirkt, bleibt der transparente Bereich unangetastet.

Alternativ gibt es bei den meisten Grafikprogrammen die Funktion die Transparenz der Ebene zu sichern. Auch hier sollte der transparente Bereich blieben wie er ist.

Des weiteren gibt es noch die Möglichkeit mit einer Maske zu arbeiten ... einfach auf den Alpha-Kanal erstellen lassen bevor du mit dem Filter drübergehst.

Zu guter letzt kann man diesen verschwommenen transp. Bereich leicht entfernen, wenn das Grafikprogramm denn über solch eine Funktion verfügt: Einen Alpha-Schwellwert festlegen
(Wenn du das png in <= 24bit bringst, wird der teiltransparente Bereich in der Regel mit o.g. Filter verändert - wenn du sowas also vorhast ... )