Geht es hier nur eine größere transparente Fläche oder ist auch die partielle Transparenz sehr wichtig? Wenn nicht, dann sollte es auch in Paint.NET funktionieren, eine transparente Ebene als Grundebene zu nutzen und den nicht-transparenten Teil des Bildes sorgfältig auszuschneiden und in eine weitere Ebene einzufügen und dann ohne Probleme Filter in der zweiten Ebene zu benutzen, ohne dass das Bild seine Transparenz verliert.

Sehr nubige Erklärung, was auch daran liegt, dass ich sehr nubig im Grafikbereich bin und wahrscheinlich gibt es auch eine einfachere Lösung für dein Problem. :/