Wrye Mash kann das:

http://wrye.ufrealms.net/images/Wrye%20Mash_01.png

Mod highlighten (anwählen), dann unten rechts im Bild ist die Masterliste, da hakst du die esm's aus und gehst danach auf save. Das feature ist aber eins von denen, wo man wissen sollte, welche Abhängigkeit man auch entfernen darf...