1. Fade-In ist doch nur ein Übergang von einem Bildschirm zum nächsten. Wenn beide identisch aussehen dürfte die Überblendung nicht einmal zu sehen sein. Wenn sie unterschiedlich sind, wirst du logischerweise aber so oder so einen Übergang (ob nun sanft oder abrupt) haben. Du kannst ja das Graphics.freeze im Main-Script oder im Script, welches vor der Scene_Title ausgeführt wird, entfernen. Aber eigentlich dürfte das auch nicht stören.

2. Du brauchst doch nur die jeweiligen Werte statt den Variablen eingeben.
$game_map.setup(3)
startet die Map mit der ID 3.
$game_player.moveto(2,1)
setzt die Spielfigur auf die Koordinaten 2/1.