Seltsam. Normalerweise wird auch bei einem Neustart die Festplatte erkannt. Jedenfalls bei mir. Auch die Dateifreigaben bleiben dann erhalten!
Du könntest doch gleich die Festplatte in den PC einbauen anstatt sie als Externe zu benutzen, dann dürfte das Prob. doch gelöst sein.

Oder du nimmst Linux. :E
Kann auch SMB und den ganzen Mist.