Das enfernen von Reg Einträgen sollte man besser Tools wie RegCleaner überlassen.
Eine genauere Beschreibung, was für PIs geladen waren und welche du entfernt hast wäre hilfreich. Bei Rüstungen und Waffen, solltest du VORHER selbige ablegen/verkaufen um Probleme zu vermeiden, bei Häusern/Quests, die "betreffenden Zellen" verlassen.
Du hast nicht vielleicht die uninstall.exe entfernt?