Solltest du keine backups von den Mods haben, die du Zur Zeit benutzt, würde ich dir raten, die oben genannten Ordner nur zu verschieben, nicht zu löschen. Sonst darfst du dir danach alles neu runterladen.

Wenn es daran liegt, dass ein Mesh fehlt (dann kommen typischerweise riesige gelbe Dreiecke mit Ausrufezeichen) dann sollte es reichen, die .esp eines Mods zu deaktivieren. Probiere einfach alle durch, bis du den Schuldigen gefunden hast.
Den schuldigen Mod kannst du dann einfach neu installieren, falls du beim ersten mal einen Ordner vergessen oder falsch verschoben haben solltes. Dann sollte es laufen.
Es sei denn, beim Download des Mods fehlt die Datei auch schon, dann wirst du ihn nicht fehlerfrei benutzten können.