In aller Regel steht am Anfang die Spielidee und nicht das Werkzeug.

Bestimmte Spielideen oder Ideen für Spielinhalte lassen sich mit dem Maker nicht umsetzen, da er dafür einfach das falsche Werkzeug ist. MMORPGs zB oder Onlinespiele generell.
Da der Maker dafür ausgelegt war mit Gamepad-steuerbare Spiele zu erstellen war die Tastenbelegung eher dürr und keine Mausunterstützung eingebaut. Komplexere taktik-angehauchte Kampfsysteme lassen sich aber mitunter nur mühsam mit Gamepad steuern, oder auch stark actionlastige AKS können mitunter unter der mageren Tastenbelegung leiden. Der Keypatch von Ineluki hat hier ja Abhilfe geschaffen.
Auch die technisch bedingte Beschränkung auf 256 Farben/Picture, nur 20 Picture maximal, die fixe Auflösung und die eingeschränkten Soundformate (ohne MP3-Patch) sind Grenzen, durch die mitunter bestimmte Spielideen sich nur suboptimal umsetzen lassen.

Ein großes Manko ist sicherlich die Unfähigkeit auf externe Dateien schreibend und lesend zuzugreifen. Was würde diese Fähigkeit an spielrelevanten Inhalten erlauben? Einfache Bequemlichkeitsfunktionen wie Quicksave, Quickload und Autosave wären machbar. Mehr als 15 Speicherplätze, oder aber die Möglichkeit das Spiel per Plugins zu erweitern. RPGs wie zB Morrowind leben von Nutzererstellten Erweiterungen, seien es neue Maps, neue Items oder sonst etwas.
Zufallsgenerierte Dungeons ala Diablo sind bspw. auch nicht möglich. (Allenfalls eine Zufallsauswahl aus mehreren selbsterstellten Maps, was aber ein extremer Aufwand ist, je nachdem wie groß und wieviele Dungeons man haben möchte)

Natürlich kann man auch mit dem RPG-Maker sehr interessante und spannende Spiele machen, das steht ausser Frage. Aber es ist auch Fakt das sich bestimmte Spielideen, auch wenn man sich auf "RPGs" beschränkt, nicht optimal oder nur mit hohem Mehraufwand umsetzen lassen.
Wenn sich meine Spielidee mit einem Werkzeug nicht umsetzen läßt kann ich entweder nach einem anderen Werkzeug Ausschau halten oder meine Idee anpassen. Der Wunsch vieler nach Patches für den Maker ist Ausdruck dafür, daß sie ihre Spielidee nicht anpassen wollen (oder können) und es kein anderes Werkzeug gibt, das ihnen die nötigen Möglichkeiten gibt und dabei so einfach zu bedienen ist wie der Maker. (Oder sie keins kennen)

Oh und ich würde einen Unterschied machen zwischen einer "Grenze" die bei mir selber liegt (mangelnde Fähigkeiten/mangelnde Phantasie) und einer Grenze, die mir durch das gewählte Werkzeug auferlegt wird. Den die persönlichen Grenzen trage ich immer mit mir herum, während die Werkzeuggrenzen eine von aussen künstliche Beschränkung sind die ich nicht zwingend ertragen muss. (Wechsel oder Anpassung des Werkzeuges)

Profis gehen genauso vor. Man sucht sich passende Engines auf dem Markt für die eigene Idee. Findet man eine passt man sie eventuell noch ein wenig auf die persönlichen Bedürfnisse ab. Findet man keine wägt man ab ob es sich lohnt eine eigene zu erstellen oder man nicht Anpassungen im Spieldesign vornimmt. Letzteres sollte IMO aber immer der letzte Ausweg sein, wenn die einzige Alternative Canceln ist.