Der Bonusdungeon ist von der Hauptstory losgelöst und nimmt das gesamte Spiel mehr oder weniger auf die Schippe. Du kannst besagte Figuren im Bonusdungeon als Gruppenmitglieder bekommen und diese bleiben dann sogar für das Hauptspiel erhältlich, auch wenn es mit der Story nicht zusammenpasst.
Übrigens habe ich beim Endgegner beim ersten Mal auch ewig lange gebraucht. Habe auch nicht den Kristall zerstört. Das war schon happig.
Nachdem man den Bonusdungeon gemacht hat, ist man allerdings für den Endgegner übermächtig.