Das ist ein bekannter Bug. Soweit ich weiß, produziert der Heightmap-Editor immer beim Speichern komische Bugs. Wenn du die nicht korrigierst, speicherst und dann später neu lädst, werden die Daten für die Zelle aus seltsamen Gründen auf "0" gestellt, sind also etwas seltsam. Da hilft nur: Zellen aufschreiben und per Landscape-Editor bearbeiten. Die Fehler befinden sich oft am Rand von Quads bzw. zwischen Zellen und sind kaum zu übersehen: Ein Quadrat der Landschaft, also 4 Dreicke, sind seltsam in der Höhe verschoben. Einfach per "Soften Vertices" ändern.

Also:
Meldungen aufschreiben, Bugs beheben, dann erst speichern und das CS beenden.