Sagen wir mal so: WENN gleichlautende Unterverzeichnisse da WÄREN, WÜRDEN sie überschrieben.
Normalerweise hat aber jeder Modder eigene Unterverzeichnisse.

Beispiel: unter Textures findest Du ein Unterverzeichniss namens "Armor" - und darunter sind wiederum Unterverzeichnisse namens (beispielsweise): Ranger, NoblePlate, Samurai, Skull... usw. (hab jetzt mal in meine Liste geschaut).
Es wird normalerweise NICHTS davon überschrieben - ES SEI DENN, bei ROO wäre zufälligerweise auch ein Unter-Unterordner namens "Ranger" - und darin obendrein auch noch eine gleichlautende Datei namens "rangerboots.dds".
Sollte das alles zufälligerweise mal so passieren und die Datei heißt nun "rangerboots1.dds" - wird NICHTS überschrieben, sondern nur hinzugefügt.

Da Raimund (Autor von ROO) ein erfahrener Modder ist, wird das sicher nicht vorkommen.

Die Texturen von Oblivion werden nicht angerührt, da die sich gar nicht im Textures-Ordner befinden.