Ich kenn FRAPS jetzt nicht genau, aber ich denke mal das er das derzeit als Standard eingestellte Aufnahmedevice nutzt, was in deinem Fall das Micro war.
Nun, doppeklick im Tray auf das Soundsymbol, bei Einstellungen und dort in dem Dropdown Aufnahme auswählen, wenn noch nicht vorhanden, die Checkboxen in dem Feld, was unter der Dropdownbox ist anwählen (Stereo Mix).
Dann auf OK und den Haken bei der Checkbox von Stereo Mix machen und die Lautstärke anpassen, wobei Stereo Mix etwas empfindlicher ist, was den Ton angeht, also dreh diesen mal lieber auf den 3. Strich.
Was jetzt genau die Schritte angeht, mit der Auswahl des Aufnahmegerätes, bin ich mir nicht zu 100% ob das alles genau so war, aber im groben müsste es so sein. (Bin derzeit unter Ubuntu am werkeln...)

Dann kannst du wie gewohnt mit Fraps aufnehmen...