Das obere Script funktioniert nicht so dolle. Das, was ich jetzt poste, funktioniert dagegen wunderbar (soweit ich es getestet habe).

Code: 
ScriptName EnchantingStationScript

;Script for activation of Enchanting Station (which brings up Enchant Menu)

short HasSoulGem

Begin OnActivate

	if isActionRef player == 1
		showEnchantment
	endif

	if ( player.GetItemCount "DeinSeelenstein" >= 1 ) && ( HasSoulGem == 0 )
		set HasSoulGem to 1
	endif

End

Begin GameMode

	if ( HasSoulGem == 1 ) && ( player.GetItemCount "DeinSeelenstein" >= 1 )
		set HasSoulGem to 0
		return
	endif

	if ( HasSoulGem == 1 ) && ( player.GetItemCount "DeinSeelenstein" <= 0 )
		message " "
		message " "
		player.AddItem "DeinSeelenstein" 1
		set HasSoulGem to 0
	endif

End
Die Zeilen

message " "
message " "

dienen der Verhinderung von so bezeichnetem Message Spam (Die Nachricht "DeinSeelenstein added" wird nicht kommen, stattdessen nur eben das Oblivion-Zeichen; wenn du willst, dass diese Nachricht angezeigt wird, musst du nur die beiden Zeilen aus dem Script löschen). So erhält der Spieler immer direkt nach Nutzung des Altars einen neuen Seelenstein derselben ID, wenn er den alten dann nicht mehr im Inventar hat - den er in dem Fall ja nur durch Nutzung des Altars verloren haben kann.

Das Recharge-Script dagegen ist eine andere Sache (danke @ Grimoa für die Aufklärung). Befindet sich der Spieler im selben Raum mit einem Objekt, auf dem ein Script mit GameMode-Block liegt - wie in diesem Fall der Verzauberungsaltar -, so wird der GameMode-Block des Scripts einmal pro Frame durchgearbeitet. Das ist bei Recharge nicht möglich; GameMode wird innerhalb von Menüs ignoriert. Um ehrlich zu sein, ich habe keine Ahnung wie genau das mit dem Recharge-Menü funktioniert, aber über ein Script offensichtlich nicht.