Zu 2. : Wenn es nur um die Mod-Einträge geht, im CS, Modliste, mal die Mod anklicken und dann nicht laden, sondern den Details... button klicken (darüber kann man übrigens auch Einzeleinträge auf ignore setzen, indem man auf eine Zeile klickt und dann [Entf] - geht alles ohne zu speichern!!

Beim bashed patch updaten wird oft viel falsch gemacht. Am besten und fehlerfreisten wird er deaktiviert rebuilded. Also erst mal alles anschalten außer bashed patch. Wenn man ihn in Wrye Bash nämlich aktiviert, aktiviert er sämtliche (möglicherweise deaktivierten, veralteten) Master mit. Wenn du danach außerhalb von WB einen Master vom bashed patch deaktivieren solltest, dann dürfte es einen master not found crash geben.

-Gewollte Mods aktivieren, ungewünschte deaktivieren
-Bashed Patch ist jetzt in der Regel automatisch schon inaktiv (wenn nicht, dann stimmt er zufällig mit der über ihm aktivierten Masterliste überein)
-Bashed Patch rebuilden und dann aktivieren.

Welche besonderen Patch-Einstellungen verwendest du eigentlich, insbesondere: Wie sieht die Seite über Leveled Lists genau aus, steht die auf Automatik? Welche Mods werden da angezeigt?