Die Partition, auf dem der convert-Befehl stattfinden soll, solltest du vorher sicherheitshalber auf Fehler überprüfen. Das erledigt man mit "chkdsk x: /f /r /x", ggf. fragt Windows nach, ob die Prüfung während dem nächsten Neustart gemacht werden soll.
Ansonsten: Solange die Festplatte sich nicht auf wundersamer Weise in Rauch auflöst oder ein plötzlicher Stromausfall herrscht, dürfte die Konvertierung problemlos vonstatten gehen^^.