Ich würde die Mods mal gruppenweise wegschalten um das Problem einzukreisen. Deine omod-Modliste wäre vielleicht auch aufschlussreich, vielleicht sind da auch GUI-Mods (DarN's etc.) und andere dabei, die gewisse Dateien in gewissen Ordnern brauchen.

Was auch gerne vergessen wird beim neu aufsetzen, sind Oblivion.ini Änderungen, z.B. einige GUIs brauchen bestimmte Einträge unter [Fonts], wenn die nicht stimmen, kann Oblivion manchmal nicht mal den ersten screen laden und schmiert gleich ab.